为什么不能用Trizol沉淀法提取的RNA去做全转录组测序？
发布时间：2020-05-19 浏览次数：次
做RNA提取的老司机，看到这个题目，可能会一脸懵：这谁呀…，傻X，这个问题还用讨论吗？
各位同学、老师，请带着下面这几个问题去看这篇文章。
1、总RNA提取试剂盒提出来的是“总RNA”吗？为什么是2条带而不是3条带？Trizol呢？
2、为什么不能用Trizol提取的RNA去做全转录组测序？
3、全转录组测序该选什么样的RNA提取试剂盒呢？
4、普通转录组测序该怎么选？
一、总RNA的定义
总RNA=mRNA+tRNA+rRNA，即：总RNA就是指mRNA、tRNA、rRNA的总和。这个概念是在还没有发现microRNA的时候的产生的，却被各大RNA提取试剂盒生产公司所默认，一直延续至今。也就是说在市场上你看到的“总RNA提取试剂盒”，只对mRNA、tRNA、rRNA负责，提出来的是这三种RNA的混合物，重点是对mRNA负责。所以各位可以去各大公司的网站，看一看总RNA提取试剂盒案例所配的RNA电泳图图，只有代表“总RNA”的2条带——28s和18s；代表microRNA的5s带，要不没有，要不很弱。这就是目前各个公司总RNA提取试剂盒中“总RNA”的概念。
那么Trizol呢？trizol也是总RNA提取试剂呀？ Trizol提出来的可是3条带吧？这该是真正的总RNA了吧？想知道答案，请接着往下看…
二、为什么不能用Trizol提取的RNA去做全转录组测序？
请看下面这篇文章：用Trizol提取microRNA，因丢失很多microRNA，造成文章被质疑，最终“被”撤回。
Molecular Cell, Volume 43, Issue 6, 1005-1014, 16 September 2011 doi:10.1016/j.molcel.2011.07.031
RETRACTED: Cell Adhesion-Dependent Control of MicroRNA Decay
Young-Kook Kim1, Jinah Yeo1, Minju Ha1, Boseon Kim1 and V. Narry Kim1, 2,
, 
1 School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul 151-742, Korea
2 Bioinformatics Institute, Seoul National University, Seoul 151-742, Korea
Corresponding author
This article has been retracted: please see Elsevier Policy on Article Withdrawal (http://www.elsevier.com/locate/withdrawalpolicy).This article has been retracted at the request of the Editor-in-Chief and Author.In this paper, we reported that the levels of specific microRNAs (miRNAs) decrease when cells are grown at low density or when cells are detached from a culture dish. Based on our results, we proposed that some miRNAs are selectively destabilized depending on the adhesion status of the cells. However, in subsequent studies, we discovered that structured miRNAs with low GC content are selectively lost during sample preparation, particularly when a small number of cells is used for RNA preparation using the standard TRIzol protocol (see the Letter to the Editor published in this issue for details). These findings provide an alternative explanation for our original data. While the original data are all reproducible, we are retracting the paper because we feel the main conclusions have been compromised. We apologize for any inconvenience this may have caused.
你还敢说，可以提出来3条带的Trizol，提取出来的RNA，是真正意义上的总RNA吗？不怕文章被撤回吗？
所以， Trizol不能作为microRNA提取的首选试剂，也不能作为全转录组测序该选用的真正的总RNA提取试剂。Trizol只能适用于公司概念中的“总RNA”。
三、全转录组测序该选什么样的RNA提取试剂盒呢？
全转录组测序主要是测mRNA和microRNA。
Trizol会丢失很多microRNA，所以不能用。
总RNA提取试剂盒的重点是mRNA，根本不考虑microRNA的回收率，连RNA胶图都出不来5s带，更不能考虑啦。
那该选什么样的试剂盒去做全转录组测序呢？
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此外，金百特生物的microRNA提取试剂盒发挥本质功能——microRNA的提取，也是很出色的，也可以一次性把microRNA和总RNA（mRNA、tRNA、rRNA）分别提出来，如下图：
R015-50通用型microRNA提取试剂盒
需要注意的是：一般来说，研究microRNA只需要提出包含microRNA的总RNA就可以了（如3条带的电泳图所示）。不建议专门富集microRNA，也就是第二张图的分提步骤，世界第一核酸纯化品牌——Qiagen的miRNeasy Mini Kit根本就没有提供分提步骤的microRNA吸附柱，特别需要分提的时候，需要单独购买。原因很简单，1、不建议分提，做microRNA的反转试剂盒只是针对microRNA进行的，不会反转total RNA，不分开也没有影响。2、分提的步骤，费时费力。如果不是实验进展不顺利或者特殊情况需要，一般不建议分提。
R015-50-通用型microRNA提取试剂盒，原理同Q公司，已推出5年，成熟、稳定、高效。这款试剂盒的裂解液是Trizol，所以只要Trizol可以提取总RNA的样本，都可以用这款，包括植物、动物、细胞、昆虫等。
如果Trizol无法提取总RNA的样本，特别是多糖多酚的植物样本，根、茎、叶、花，请选择R410-50-植物microRNA提取试剂盒，大量供货二代测序公司，请放心选择。全世界只有我们一家有这款试剂盒。
新出R400-50果实种子microRNA提取试剂盒，已做完5000次测试，放心购买。
四、普通转录组测序该怎么选？
普通转录组测序主要是测mRNA。所以选总RNA提取试剂盒或者RNAzol(Trizol)，均可。
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北京金百特生物技术有限公司
Beijing GeneBetter Biotech Co.,Ltd.
网址：www.gene-better.cn
联系方式：15011185085（微信同号） 010-82796566
地址：北京市昌平区中关村生命科学园北清创意园3-3栋106室
各位同学、老师，请带着下面这几个问题去看这篇文章。
1、总RNA提取试剂盒提出来的是“总RNA”吗？为什么是2条带而不是3条带？Trizol呢？
2、为什么不能用Trizol提取的RNA去做全转录组测序？
3、全转录组测序该选什么样的RNA提取试剂盒呢？
4、普通转录组测序该怎么选？
一、总RNA的定义
总RNA=mRNA+tRNA+rRNA，即：总RNA就是指mRNA、tRNA、rRNA的总和。这个概念是在还没有发现microRNA的时候的产生的，却被各大RNA提取试剂盒生产公司所默认，一直延续至今。也就是说在市场上你看到的“总RNA提取试剂盒”，只对mRNA、tRNA、rRNA负责，提出来的是这三种RNA的混合物，重点是对mRNA负责。所以各位可以去各大公司的网站，看一看总RNA提取试剂盒案例所配的RNA电泳图图，只有代表“总RNA”的2条带——28s和18s；代表microRNA的5s带，要不没有，要不很弱。这就是目前各个公司总RNA提取试剂盒中“总RNA”的概念。
那么Trizol呢？trizol也是总RNA提取试剂呀？ Trizol提出来的可是3条带吧？这该是真正的总RNA了吧？想知道答案，请接着往下看…
二、为什么不能用Trizol提取的RNA去做全转录组测序？
请看下面这篇文章：用Trizol提取microRNA，因丢失很多microRNA，造成文章被质疑，最终“被”撤回。
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Young-Kook Kim1, Jinah Yeo1, Minju Ha1, Boseon Kim1 and V. Narry Kim1, 2,
, 1 School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul 151-742, Korea
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Corresponding author
This article has been retracted: please see Elsevier Policy on Article Withdrawal (http://www.elsevier.com/locate/withdrawalpolicy).This article has been retracted at the request of the Editor-in-Chief and Author.In this paper, we reported that the levels of specific microRNAs (miRNAs) decrease when cells are grown at low density or when cells are detached from a culture dish. Based on our results, we proposed that some miRNAs are selectively destabilized depending on the adhesion status of the cells. However, in subsequent studies, we discovered that structured miRNAs with low GC content are selectively lost during sample preparation, particularly when a small number of cells is used for RNA preparation using the standard TRIzol protocol (see the Letter to the Editor published in this issue for details). These findings provide an alternative explanation for our original data. While the original data are all reproducible, we are retracting the paper because we feel the main conclusions have been compromised. We apologize for any inconvenience this may have caused.
你还敢说，可以提出来3条带的Trizol，提取出来的RNA，是真正意义上的总RNA吗？不怕文章被撤回吗？
所以， Trizol不能作为microRNA提取的首选试剂，也不能作为全转录组测序该选用的真正的总RNA提取试剂。Trizol只能适用于公司概念中的“总RNA”。
三、全转录组测序该选什么样的RNA提取试剂盒呢？
全转录组测序主要是测mRNA和microRNA。
Trizol会丢失很多microRNA，所以不能用。
总RNA提取试剂盒的重点是mRNA，根本不考虑microRNA的回收率，连RNA胶图都出不来5s带，更不能考虑啦。
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